비록 주사용수와 멸균주사용수는 어느 정도 서로 교환하여 사용할수 있지만 량자사이에는 다음과 같은 뚜렷한 구별이 존재한다.

1. 생산 공정:

- 증류순화수를 통해 얻을 수 있으며, 특수 설계된 증류기를 증류, 응축 냉각한 후 다시 미공여과를 통해 수질이 주사제 생산의 기준에 부합하도록 확보한다.

- 멸균주사용수는 더욱 복잡한 공정을 거쳐야 하며, 주사용수를 기초로 주사제의 생산공정에 따라 더욱 가공하여 어떠한 첨가제도 함유하지 않도록 보장하는 동시에 엄격한 멸균처리를 진행한다.

2. 용도:

- 주사용수는 일반적으로 약액을 조제하는데 사용되지만 멸균주사용수는 직접주사와 더욱 복잡한 의료조작에 적합하다.

- 멸균주사용수의 응용장소가 더욱 광범위하여 주로 림상용수, 례를 들면 멸균분말의 용제나 주사제의 희석제, 내강경의 세척에 사용된다.

3. 품질 기준:

- 둘 다 약전 요건을 충족해야 하지만 멸균주사 용수는 더 엄격해야 한다.약전은 검수 기준, 검측 방법 및 보존 조건 등에 대해 상세하게 규정되어 있다.